John Newton, Jr. chào đời ở Wapping, Luân Đôn, Anh Quốc con trai của John Newton, Sr., một thuyền trưởng chuyên hoạt động trong vùng Địa Trung Hải, và Elizabeth Newton (nhũ danh Seatclife). John được mẹ giáo dưỡng trong đức tin Cơ Đốc, nhưng bà qua đời khi cậu mới lên sáu[1]. Sau hai năm sống trong trường nội trú, John, lúc ấy 11 tuổi, bắt đầu đi biển với cha cho đến khi ông về hưu năm 1742. Cha của Newton lập kế hoạch đào tạo cậu trở nên một chủ nô tại một đồn điền ở Jamaica, nhưng đến năm 1743 cậu bị buộc phải gia nhập hải quân, Newton phục vụ trên chiến hạm HMS Harwich với cấp bậc chuẩn úy. Song cậu bị bắt giữ sau âm mưu đào ngũ và bị giáng cấp trở thành thủy thủ. Theo thỉnh cầu của Newton, cậu được đưa đến phục vụ trên một tàu buôn nô lệ trên đường đến Tây Phi, cuối cùng con tàu cập bến Sierra Leone. Newton làm việc cho một người buôn nô lệ và bị người này lạm dụng. Đó là thời kỳ mà theo hồi ức của Newton, cậu là một "kẻ bội giáo theo đuổi cuộc sống phóng đãng". Đầu năm 1748, Newton được một thuyền trưởng giải thoát do thân phụ của Newton đã nhờ ông tìm kiếm Newton trong các chuyến hải hành.